咸丰七年五月，曾国藩假期将满，他不想再过客位虚悬的日子，遂奏请在家守三年之制。皇帝当然不会批准他在家守孝三年，在回复中催他立刻回到军中。曾国藩于是向咸丰皇帝摊牌，给皇帝上了一道奏折，一股脑儿地把自己压抑已久的愁苦愤懑都说了出来，期望皇帝会体谅他的苦衷，授予他职权。
他在这封叫《沥陈办事艰难仍恳终制折》的著名奏折中将官场的潜规则说得很清楚。
他说，带兵打仗，必须依靠地方官员的支持。“至于筹饷之事，如地丁、漕折、劝捐、抽厘，何一不经州县之手？”但地方官员只认他们权力体系内的运转规则，只听能掌握他们升迁权力者的话。他名义上为“部长”级官员，而“文武僚属大率视臣为客，视本管上司为主。宾主既已歧视，呼应断难灵通”。他“身非地方大吏，州县未必奉行，百姓亦终难可信”，所以“或臣抽厘之处，而州县故为阻挠；或臣营已捐之户，而州县另行逼勒。欲听之，则深虑事势之窒碍；欲惩之，则恐与大吏相龃龉”。
他虽有保举权，但由于所保人员非国家正规军出身，“徒有保举之名，永无履任之实”。许多战功卓著的部下，“虽保举至二三品，而充哨长者，仍领哨长额饷。充队目者，仍领队目额饷。一日告假，即时开除，终不得照绿营廉俸之例，长远支领”。
他直言不讳地说：“臣细察今日局势，非位任巡抚，有察吏之权者，决不能以治军。纵能治军，决不能兼及筹饷。臣处客寄虚悬之位，又无圆通济变之才，恐终不免于贻误大局。”如果皇帝不给他督抚之权，他就只能“在籍终制”，就是说不复出山。
曾国藩以为他已经把委屈和困难说得够充分了，皇帝没有任何理由不给他这个卖命的走狗以必要的支持。没想到，逞妇人之智的咸丰皇帝和曾国藩较上了劲。
咸丰在奏折上批了这样一段话：
江西军务渐有起色，即楚南（湖南）亦就肃清，汝可暂守礼庐。 注： 《曾国藩全集·奏稿》2，岳麓书社，2011年，第225页。
批准他在家守制三年，实际上解除了他的兵权。
这当头一棒差点把曾国藩打昏。他万没料到，苦战数年竟是这样一个结果。
咸丰皇帝为什么如此果断地罢了曾国藩的军权呢？
因为他另有了依靠。
前面我们说过，咸丰皇帝一直认为，镇压太平天国的关键是拿下南京，因此指挥八旗和绿营，在南京建立了江南江北两座大营。
这两座大营既是咸丰皇帝“舍弃枝叶、直指根本”的战略思维的产物，也是“清廷中满洲贵族集团对抗以曾国藩为首的新兴汉族地主军事集团—湘军集团的产物”。
曾国藩的湘军崛起之后，虽然在长江中游屡立战功，但是在咸丰眼中，始终只是为协助正规军队镇压太平军而兴办的、临时征召的汉族“民兵”，一直不过是“外人”，顶多算是偏房生的孩子。
江南江北大营才是咸丰皇帝眼中的嫡系，是大清江山的支柱，也是国家正规军的脸面。由汉人建立的“私家武装”立下拯救王朝之全功，以后国家正规军的威信何在？皇帝的如意算盘是让曾国藩游击野战，歼灭太平军的有生力量，最后仍由盘踞在南京脚下的正规军将领收功。
因此虽然江南江北两座大营作战并不给力，但对这两个亲生子，咸丰皇帝还是一直非常偏爱。湘军坚忍能战，但是咸丰皇帝却不积极给湘军供饷。江南江北两座大营，皇帝却委以专人负责，划定若干省份专门供应。胡林翼愤愤不平地说：“即如江西之援军，及涤帅旧留江西之部曲，在今日总算强兵，然百日无饷矣。若吴若皖之兵，以十万余计，未必如此之厄，亦可慨矣。”
然而烂泥扶不上墙。两座大营建立后，表现非常差劲。两座大营分峙南北，花了上千万两的银子，不但不能迅速拿下南京，也阻挡不了太平军北伐和西征的步伐。不仅如此，它们后来又被证明不能保卫自身，咸丰六年（1856）初，太平军为了消除清军对南京的威胁，大举进攻，二月击溃江北大营，五月击溃江南大营，让咸丰多年心血付诸东流。
亲生子实在指望不上，所以咸丰皇帝对曾国藩不得不一再优容，虽然不给曾国藩实权，但是却能参谁准谁。湘军坐困江西，军事上一直没有起色，但与对满洲亲贵和武将们动不动就破口大骂要杀要剐不同，咸丰对曾国藩一直还算客气，没有辱骂讽刺。
然而不久之后，形势有了变化。
首先是天京事变，使太平天国实力大衰。
太平天国的最高领袖虽然是洪秀全，但是洪氏以教主自居，深居简出，并不管理具体事务。军政大权，掌握在东王杨秀清手里。攻破江南大营后不久，杨秀清野心膨胀，自称“天父下凡”，召天王洪秀全到东王府“逼封万岁”，意图谋取最高权力，引发天京内讧。洪秀全诛灭东王杨秀清，逼走翼王石达开，太平天国内部人心涣散，军事形势开始逆转。
与此同时，江南大营的军务也有了起色。
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