就在曾国华从军后数月，另一个弟弟曾国荃也弃文从武，率兵前往江西救援。咸丰六年（1856）十月，曾国荃广招罗泽南、李续宜旧部及新募之兵，共计三千人，会合湘军老将周凤山部，进军江西吉安。此军名字就定为“吉字营”。
兄弟们的到来，让曾国藩得到了一定程度的援助。同时，正当南昌指日可下，曾国藩“呼救无从”“魂梦屡惊”之际，洪秀全、杨秀清等从西征战场大量抽调太平军回救天京，参加攻破江南大营的战斗。此后，江西太平军基本上停止了进攻，困处南昌的曾国藩终于绝路逢生，解除了生命危险。
3．被皇帝拿掉兵权
这一时期，曾国藩不仅陷入军事上的危局，政治上也陷入重重泥沼之中。
问题在于曾国藩没有实权。虽然屡获大胜，湘军与清王朝体制上的矛盾仍然没有理顺，曾国藩的处境仍然十分艰难。这种艰难在江西表现得最为充分。
湘军出省作战实行的是“就地筹饷”，江西省官僚系统负有供饷之责。其时江西巡抚是陈启迈，其人气度狭隘，寸权必争。在他眼里，曾国藩不过是一个办团练起家的在籍官员而已，地位等同绅士，湘军不过是民团，跑到江西来，是他的额外负担。他认为，湘军要在江西吃自己的军饷，就必须对自己唯命是从。因此他对曾国藩指手画脚，呼来喝去。他所下命令又朝令夕改，令人左右为难。对这样一个毫不知兵的巡抚，曾国藩实在无法敷衍，只好拒不从命。这下子惹火了陈启迈，对曾国藩“多方掣肘，动以不肯给饷为词”。
曾国藩忍无可忍，拍案而起，于咸丰五年（1855）六月十二日，以陈启迈“劣迹较多，恐误大局”，上奏参劾。陈启迈所作所为确实让人无法为之辩解，咸丰皇帝阅之大怒，立刻将陈启迈革职查办。
然而，接下来发生的事情又重复了曾国藩湖南的经历，这次参劾不但没有使其他江西官员束手，反而让他们变本加厉。接替陈启迈任江西巡抚的文俊行事一如陈氏，江西官员在他的率领下团结起来处处给曾国藩下绊子、设障碍。曾国藩为了筹集军饷，就要在江西抽厘，也就是收取商业税，这样就不能不聘用江西绅士来办理厘局。这在江西地方官员看来无疑是侵越他们权力的事，因而就来个针锋相对，寸权必争。曾国藩要在哪儿办厘局，江西也在哪儿办厘局。曾国藩要用某个绅士，地方官就扣住不给，甚至对亲近曾国藩的绅士进行打击报复。早在陈启迈当政时，有个名叫彭寿颐的江西举人，甚得曾国藩的赏识，欲招入幕府使用。陈启迈收到曾国藩的咨文后，不仅不允调用，反而因事将彭寿颐投入狱中，严刑拷讯。久而久之，江西司、道、府、县官员皆希上旨与曾国藩互为水火，甚至有人故意起而刁难谩骂攻击曾国藩，以取悦自己的上司，甚至曾国藩的兵勇也经常被人痛骂毒打，遭受侮辱。
湘军在江西的军饷得不到保证，部下长期陷于饥困。为了吃到一口军粮，甚至有湘军部将冒险而死。湘军毕金科部长期乏饷，士有饥色，地方官员告诉毕金科，如能攻占景德镇，便立刻为他发饷。毕金科一向莽撞，今又穷困已极，便决意一试。太平军在景德镇坚固设防，布有重兵。毕金科率一千饥疲之卒贸然来攻，结果全军覆没，毕金科也丧命其地。曾国藩得知后又痛惜又气愤。咸丰九年（1859）六月湘军终于攻陷景德镇后，曾国藩在毕金科丧命之处立下一块石碑，亲为撰写碑文，其中有“内畏娼嫉，外逼强寇，进退靡依，忍尤丛诟”等语。这不只是表达对毕金科的痛挽，也是为抒发自己心中多年的块垒。
曾国藩在江西数年之间步步荆棘，处处碰壁。他后来在给朋友的信中回忆说：“江西数载，人人以为诟病。”又形容当时的苦况说：“士饥将困，窘若拘囚；群疑众侮，积泪涨江，以求夺此一关而不可得，何其苦也！”他无时不想挂冠而去，“国藩昔在江西、湖南，几于通国不能相容。六七年间，浩然不欲复闻世事”。但时势之危与圣人之教又不容许，只好百般隐忍，甘受煎熬，常年寸心如焚。“虹贯荆卿之心，而见者以为淫氛而薄之；碧化苌弘之血，而览者以为顽石而弃之。古今同慨，我岂伊殊？屈累之所以一沉，而万世不复返顾者，良有以也。”委屈痛苦，溢于笔端。他甚至这样对好友刘蓉说：“所至龃龉，百不遂志。今计日且死矣，君他日志墓，如不为我一鸣此屈，泉下不瞑目也。”种种不平之鸣，证明这是他一生中精神最痛苦的时期之一。
正在曾国藩痛苦万分之时，咸丰七年（1857）二月十一日，曾国藩忽然接到父亲曾麟书于二月四日去世的讣告。这个噩耗此刻倒成了摆脱困境的天赐良机。他立刻上疏要求回家守孝，并且不等皇帝的回复，把军队抛在江西，径自回到了湖南老家。作为领兵大臣，不待批准即离开军营，本来是要获罪的。只是由于湖南巡抚骆秉章、湖北巡抚胡林翼反复为他说情，咸丰皇帝才免于追究，并且给假三个月，让他在家治丧。
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