然而，曾国藩成了两江总督，李鸿章就任江苏巡抚，注定再没有何桂清的好日子过了。李鸿章就任江苏巡抚后，立即拿着恭亲王奕的命令，与上海租界巡捕房洽谈，逮捕了藏在租界内的何桂清，解送北京。
何桂清是个精通潜规则的人，被捕以前，已经“潜令心腹，以重赀入都，遍馈要津，凡有言责者，鲜不受其沾润。自谓布置停当，放胆而行，于同治元年（1862）春到京”。1862年5月，入刑部狱的他仍然信心满满，以为可以死灰复燃，重新出山。因为一是慈禧太后当时垂帘未几，处事以君臣“同治”为宗旨，对于前朝罪臣，不肯轻做裁决；二是此时他的举主彭蕴章虽然已经失去了军机大臣的职位，但是另一位反对曾国藩的重臣祁寯藻已经重新出山，再掌大权。
早在咸丰四年（1854），祁寯藻因不得咸丰欢心，抽身引退，告老还乡，在家做了六年寓公。祺祥政变后，祁寯藻作为前朝元老重臣，又是肃顺的老对手，在新政局中具有不可忽略的影响力。立足未稳的两宫皇太后为了安定局面，笼络人心，于咸丰十一年（1861）十一月重新起用他，做了年幼皇帝的领班师父，让他再次进入权力中心。
因此何桂清入京后，祁寯藻一马当先，为营救何桂清首先单冲上折，他所持理由是：
刑部原奏即称遍查刑律，如临阵先退、弃城先逃等条，均罪至斩候而止，明知舍此本律，不能改引，又云情罪较重，拟以斩决，是为拟加非律，非臣下所得擅请…… 注： 《清史列传·何桂清传》，转引自孙家红：《清代的死刑监候》，社会科学文献出版社，2007年，第348页。
所谓“拟加非律”，即不依本律，另定刑罚之意，不独非“臣下所得擅请”，即在上者亦不宜出此，否则就有残暴之嫌。嗣君新立，两宫垂帘，不宜以严刑峻法作为统治手段，否则将大失民心。这个逻辑听起来似乎很有道理。薛福成评价说：“祁公之疏，尤令人不敢指驳。”
祁寯藻的手法是先由斩立决争取到斩监候，然后在秋审案内，再活动减轻。他的行辈甚高，影响力非同凡响。在他的率领下，“救何派”一下子纷起，上疏申救何桂清者共十七人：“工部尚书万青藜，通政使王拯，顺天府尹石赞清，府丞林寿图，九卿彭祖贤、倪杰，给事中唐壬森，御史高延祜、陈廷经、许其光、李培祜等，或一人自为一疏，或数人合具一疏，其余五人则余忘之矣”。可见何桂清奥援势力之雄厚。
但是另一方面，要求杀掉何桂清的人势力也很强大。何桂清逃亡情节残忍卑劣，江南籍特别是苏常籍的官员必欲杀之而后快，所以也是接连上疏，力争不让，称“不杀何桂清，何以谢江南百万战难生灵”。
朝廷非常为难。
何桂清一案的一个关键点，是弄清他当初为什么由常州逃跑？如果是只为逃命，当然要杀。可是如果有证据能证明他确实是为了外出组织更有效的抵抗，就可能不死。刑部审问他时，何桂清拿出一份薛焕等人所具的公禀，说是薛焕等数名部下请他退到苏州，以保饷源重地，以此证明他本心并不打算弃地：“退至苏州，从江苏司道之请，欲保饷源重地也。因引薛焕等四人禀牍为证。”
那么，这张公禀究竟真的出于当时，还是事后补具？当时的形势，是否有必要退至苏州？朝廷降旨，命两江总督曾国藩查核这些情形具奏，以备朝廷定夺。
曾国藩在京师的耳目众多，对何桂清一案的发展当然了解得清清楚楚。
咸丰八年（1858）再度出山之后，曾国藩在官场上的修炼已经相当老到。他的原则是不轻易得罪人，但是对何桂清不同。一是两个集团积怨甚深，二是如果何桂清复出，与祁氏联为一体，又将成为他强有力的对手。因此他一定要斩草除根，置何桂清于死地。
曾国藩的回奏很有特点。一向不大肯说题外之话的他，复奏措辞，如老吏断狱，犀利无比。首先他说，这道公禀是出于当时的实情抑或事后伪造，调查起来很复杂，也根本没有必要查究，因为任何一个了解大清政治规则的人都知道，督抚权力巨大，可以主掌下属一生荣辱，因此既能使下属曲意逢迎在先，又可以使他们隐瞒粉饰于后。
接着，曾国藩又说，他掌握有何桂清造假的前科。咸丰十年（1860）七月，嘉兴大营将弁数十人联名上帖请求挽留何桂清在江苏，暂时不要解往京师，求曾国藩代为转奏。曾国藩通过调查发现，此事只不过是军中几个人所为，因此没有为他转奏。所以薛焕等四人禀牍不足为证：
臣在外多年，忝任封疆，窃见督抚权重，由来已久。黜陟司道，荣辱终身，风旨所在，能使人先事而逢迎，既事而隐饰，不特司道不肯违其情，即军民亦不敢忤其意。十年七月，嘉兴大营将弁联名数十，具呈请留何桂清在苏，暂不解京，求臣转奏。由王有龄移咨到臣。臣暗加察访，不过通知军中数人，并非合营皆知，是以未及代奏，而王有龄已两次具奏。观营员请留之呈，则司道请移之禀，盖可类推，毋庸深究。
接着他又说出一段非常关键的话：“疆吏以城守为大节，不宜以僚属之一言为进止；大臣以心迹定罪状，不必以公禀之有无为权衡。”
也就是说，因为封疆大吏要死守城池，这不光是朝廷的要求，更是一个读书人的大节，本不容有丝毫含糊。高级大臣，为了逃亡忍心害理，枪杀百姓，就凭这一条就足以处死，不必追究有没有这个公禀。
曾国藩的这道复奏，高屋建瓴，理直气壮，无法反驳，因此要了何的命。何桂清不久即被弃市。曾国藩集团终于痛痛快快出了一口气。
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