咸丰十一年（1861）十月，太平军突然进攻上海，上海官绅代表抵达安庆乞师。曾国藩决定派李鸿章创建淮军前往上海。不久曾国藩上奏，指责薛焕不称江苏巡抚之职，要求以“劲气内敛，才大心细”的李鸿章替换：
江苏巡抚薛焕……驻扎上海，陆续募勇四万余人，每月糜饷二十余万，不能专办一路之贼。……（上海）地少员多，人浮于事，每有差委，不能不由营求而得。……（所用）数人素工应酬，不惬人望，其所援引之人，类多夤缘之辈。……上海既繁盛异常，苏州之书籍、字画，自贼中贩卖而出，亦充积市肆之中。薛焕设立书画局，多延画工，购买名迹。谕旨所询“日享安富、娱情古玩”者，与臣之所闻相同。 注： 《曾国藩全集·奏稿》3，岳麓书社，2011年，第351页。
结论是巡抚薛焕用兵无能，吏治又复腐败，“不能胜此重任”。因此同治元年（1862）三月二十七日，李鸿章到了上海后才十七天，清廷就正式任命李鸿章署理江苏巡抚。
在拿下了薛焕之后，曾国藩又把报复的目标对准了何桂清集团的中心人物何桂清。
何桂清逃走的情节，是非常恶劣的。江南大营崩溃时，他本应在常州组织力守。一是清代律法规定，大员如果弃城走，是死罪。二是弃城先走，则军心民心动摇，局面更不可问。所以已任浙江巡抚的王有龄知道他“欲弃城走”后，专门来信告诫何桂清，“事棘时危，身为大臣，万目睽睽，视以动止。一举足则人心瓦解矣”。千万不能逃走。
但何桂清惊惶之下，不顾一切，只想活命。他又是一个奸狡人，逃跑前先想要给自己制造个说得过去的借口。薛焕等人的联衔“禀请退保苏州。何帅得禀牍大喜”，即以前往苏州“力筹防剿，以图根本”为名，准备离城出走。然而走之前，他竟然“特张榜禁迁徙，并派兵严查诸门”，不许百姓和他同逃。“绅民曰：‘彼置吾辈死地，自示不走，无非使其独走之私，毋宁留之，俾与吾辈同死。’”
总督一走，常州肯定不保，全城人民都要遭殃。所以当何桂清率部队逃离常州时，有许多绅民顶香跪留，堵塞道路，何桂清“遽令开洋枪纵击，死者十九人”。
薛福成记：
绅民耆老数百人，即夕执香赴辕门跪请留常。文经谕之，不散。执鞭之士出拱之，犹不退。何帅怒，遽令开洋枪纵击，死者十九人。 注： 同上。
何桂清一走，“城中文武皆奔散”。城内外守军群龙无首，常州军心大乱，迅速沦陷，太平军屠城，死人不计其数。
消息传出，各地愤怒。当何桂清逃至苏州时，江苏巡抚徐有壬坚闭城门不许其入城，何桂清不得已又转赴常熟，结果又吃了闭门羹。何桂清走投无路，最后以借洋兵为名，“托言借外兵”逃到上海。到了上海，他还上奏为自己辩护：“金陵全省皆溃，丹阳已失，钦差大臣和春退至常州，军务应归督办。而苏州尚无准备，故臣赴苏驻扎，以系民望。”“和春溘逝，兵勇解体，大局摇动，非臣书生所能支持。”
咸丰皇帝至此才发现自己看走了眼，竟然把天下大局托付给这样一个厚颜无耻的人。何桂清和曾国藩是两种类型的人，何桂清以才干敏捷闻名，能言会道，一表人才，尤其善于和各方搞关系，是各方公认的办事之才。曾国藩其貌不扬，不善言辞，做事拙笨。所以朝中公论一直是何优于曾。在何桂清弃城逃跑后，朝中仍然有人反对以曾国藩取代何桂清，持之最力的是汉军机匡源。他的理由是何氏远比曾氏“明练”：
何较曾尚明练，宜留任以观后效。 注： 《清代野史》第7辑，巴蜀书社，1987年，第172页。
然而，事实证明，“明练”、善应对、小聪明，在天下大难前是没用的。真正起作用的，还是曾国藩式的笨拙、扎实、从根本上做起。
咸丰对何桂清非常痛恨，在上谕中斥责他道：“闻风先逃，民望何在？该大臣既抵常州，有兵有将，声势自应更壮，何畏葸若此！”“平时无事侈谈彼短，一旦决裂，尚不自知认罪，犹以书生自居，可叹可恨，殊有负书生。”将他革职拿问，命地方官逮送何氏进京。
然而当何桂清逃到上海时，薛焕正以江苏巡抚的职位驻扎上海，浙江巡抚王有龄也还在位，因此两人联手营救何桂清，一再上奏，多方庇护，请准何桂清留营效力，“请弃瑕录用，俾奋后效，以赎前愆”。说要利用何桂清的剩余价值，让他在上海激励团练，运动内应，设法光复苏州，请求等到苏州克复，再赴京服罪。薛福成在《书两江总督何桂清之狱》中说：“总督何桂清弃常州也，巡抚徐节愍公严劾之，上命褫职逮问，乃由常州奔上海屡以激团练，购内应，谋复苏州为名，迁延两年，竟不就逮。江苏巡抚薛焕、浙江巡抚王有龄，皆桂清旧时属吏，夙所荐达者也，颇力庇桂清，合疏奏请弃瑕录用，俾夺后效，以赎前罪，诏不许。”不久恰好英法联军内犯，咸丰出奔承德，内忧外乱之中，没有再腾出工夫处理他，容他在上海租界苟且偷生了两年。
本小章还未完~.~，请点击下一页继续阅读后面精彩内容！