他本来和曾国荃约定要每天通信。九月初五日这一天，他没有接到曾国荃的来信，以为出了什么意外，一夜无眠，心急如焚。“本日午刻不接沅信，悬系之至。……绕室旁皇，莫知所以为计。不知沅弟所以无信来者，本身受伤乎？抑全军决裂乎？……晡时，忧灼万状。……睡不能成寐，竟夜候沅弟二十九日信。”
直到第二天上午，才接到曾国荃的信。头一天曾国藩担心沅弟是不是受了伤，这封信中果然汇报说，二十八日曾国荃在营中被流弹击伤，出血颇多。曾国藩在日记当中感叹：“足见天伦血脉感触，息息相通。”
曾国藩本人并不怕死，自带兵以来，曾国藩早已经置生死于度外，但是他承受不起弟弟的死。既然无兵可调，曾国藩只好全力保障后勤供应，让曾国荃部得到充足的粮米和弹药。
哪知就在这个时候，军饷供应又出现了意外。江西巡抚沈葆桢突然宣布，因本省财政紧张，停止每月供给曾国藩的四万两漕折，“九月，葆桢以本省防军需饷，截留漕折月四万两”。这个决定非常突然，少了这四万两的采购经费，曾国荃部不但武器弹药的供应会出现问题，甚至可能连饭都吃不饱了。
这大出曾国藩的意料。
沈葆桢算是曾国藩的嫡系。他是福建人，林则徐的女婿，曾入过曾国藩幕府，后来又任广信知府。因防守广信有功，被曾国藩保举为道员。沈葆桢为官干练清廉，甚得曾国藩欣赏，曾国藩认为他是一个不可多得的人才，说：
沈在江西之初，束修自好，且有胆识，吾常器之。 注： 赵烈文：《能静居日记》2，同治六年十二月一日。岳麓书社，2013年，第1134页。
咸丰十年（1860）五月初三日，曾国藩出任两江总督后第一次上折，就是奏调沈葆桢赴自己的安庆大营帮忙，他在给朝廷的奏折中说“该道器识才略，实堪大用，臣目中罕见其匹”。第二年他又保举沈葆桢出任江西巡抚。这是不符合清代政治惯例的一次破格举荐。因为沈葆桢以前不过是个道员，没有经过布政使等历练直接出任巡抚，而且没有经过署理而直接实授，在清朝历史上十分罕见。可见曾国藩对他的欣赏和信任。
按照官场传统，曾国藩是沈葆桢的“举主”。沈葆桢应该感激涕零并大力回报，不想沈氏却在此时做出了断饷之举。
沈葆桢之所以这样做，第一个原因是他和曾国藩对江西巡抚这个职务的认识不同。
作为节制四省、指挥整个战局的第一责任人，曾国藩破格保举沈葆桢出任江西巡抚，主要目的是让他给湘军提供军饷。
军饷是湘军的生命线，也是曾国藩带兵打仗过程中最头疼的问题。现在江西已经成为后方，不再有重大战事，因此他对江西的供饷能力寄予极大希望，希望沈葆桢能迅速把江西治理好，以源源不断地供给湘军军饷。
但是沈葆桢却不这样想。沈葆桢是一个极有主见的人。他自幼即自视极高，凡事不做则已，要做就要做到最好。他想在这片土地上，建立属于自己的而不是曾国藩的功业。“曾国藩举荐沈葆桢的目的，是要他把江西变成湘军的后方据点，而沈葆桢的志向，却决不在做曾国藩的附庸。”
江西以前的巡抚在军务上一直倚仗湘军。“江西巡抚，自陈启迈、文俊、耆龄、恽光宸、毓科，皆守承平制，委权司道；其御大寇，皆倚客军。”没有人着力建设属于自己的军队。沈葆桢却不想成为一个把命运交由别人去掌握的人，曾国藩虽然承诺由湘军保卫江西的安全，然而军事瞬息万变，救援岂能总是那么及时？因此他一反以前历任的做法，不顾曾国藩的反对，开始招兵买马，决心要建立起一支自己的军队。然而，供养军队需要大量的金钱。这就和曾国藩的需要发生了冲突。沈葆桢因此决定每个月截留四万两漕折，用于建设本省军队。
沈葆桢截留四万两军饷本来已经出格，更为出格的是，沈葆桢在做出这一决定之前，并没有和曾国藩商量过。因此曾国藩后来说沈氏“既不函商，又不咨商，实属不近人情”。沈葆桢为什么不打招呼呢？因为他知道自己独立建军的做法是违反曾国藩的指示的，因此干脆不商而行。所以后来朝廷在公文中也指出：“沈葆桢……未经先与曾国藩商酌办理，似疑曾国藩不允所商而然。”
事出意外，曾国藩一下子陷入焦虑之中。九月十三日，曾国藩在日记当中说：
又未接沅弟信，忧灼之至。又因沈中丞奏截留江西漕折，银两每月少此四万，士卒更苦，焦虑无已。 注： 《曾国藩全集·日记》2，岳麓书社，2011年，第340页。
沈葆桢此举，实在是恩将仇报。曾国藩的第一反应当然是愤怒。维系湘军集团的，就是两个字—恩与义。虽然曾国藩举荐他人，从不是为了让他们报答自己的私恩，但是也从来没有想到自己举荐之人会成为自己的敌人。
他的心情恶劣到极点，在日记中记道：
以江西抚、藩二人似有处处与我为难之意，寸心郁郁不自得。因思日内以金陵、宁国危险之状，忧灼过度。又以江西诸事掣肘，闷损不堪。 注： 《曾国藩全集·日记》2，岳麓书社，2011年，第341页。
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