湖口的太平军先用少数小船不断袭扰湘军水师，使其日夜不得安宁。太平军天天“用小船百余号，或二三只一联，或五只一联，堆积柴草，实以硝药，灌以膏药，分十余起纵火下放，炮船随之；两岸出队千余人，呼声鼎沸，兼放火箭、火球”，对湘军水师实施火攻。虽然由于湘军防备甚严，未能取得多大战果，但是不能不“彻夜戒严，不敢安枕”。湘军屡胜之后，已生骄气；屡被袭扰而又求战不得，又生躁气；骄而且躁，遂令太平军有可乘之隙。
湖口之所以得名，是由于它地处长江与鄱阳湖的唯一交汇口。一边是宽阔的长江，另一边则是广袤的鄱阳湖。两水之间，是一个狭窄的交汇口，只有小船轻舟能够通过。十二月十二日，太平军利用湘军水师急于求战的心理，再次用小船袭扰的方式，把湘军惹得火起。水师营官萧捷三等贸然率舢板等轻舟一百二十余只，载兵两千，冲入湖内，企图肃清鄱阳湖内不断跑出来袭扰的太平军战船，太平军抓住机会，塞断湖口水卡，修筑工事，安装大炮，将这一百二十多条船死死地封锁在湖内。
从此湘军水师被肢解为外江和内湖两部分，百余“轻捷之船”，两千“精健之卒”，陷于鄱阳湖内；外江水师只剩下运转不灵的大船，“多笨重船只，运棹不灵，如鸟去翼，如虫去足”，丧失了作战能力，陷于被动挨打的局面，战争的主动权也就随之转移到太平军手中。
太平军从容地对湘军水师发动了更大规模袭击。一天晚上，一片漆黑，咫尺莫辨，太平军分别从九江与小池口抬出小船三十艘放入江内，携带各种火器，钻入湘军大船船队放火。湘军水师顿时大乱，纷纷逃窜，船只损失无数。曾国藩坐上舢板督阵，不许船只退却，也毫无作用。其情形如同靖港之再现。
更严重的是，曾国藩自己的座船也被太平军攻占俘获，曾国藩管驾官、监印官全部死亡，船上存放着他带兵历年以来的重要文件以及书信日记，至此“文案全失”。连皇帝赏赐他的白玉四喜扳指、白玉巴图鲁翎管、玉靶小刀、火镰等东西，都成了太平军的战利品。连曾国藩自己也差点成了太平军的俘虏，他在太平军逼近的关键时刻投水自杀，幸被救起。
曾国藩遥望江内船只纷纷溃逃，念及自己花费数年心血惨淡经营起来的水师竟遭如此下场，羞愤难当，遂欲效仿春秋时晋国大将先轸的榜样，策马赴敌而死。慌得罗泽南、刘蓉等人紧紧抓住马缰，好一番拉扯劝解方始罢休。
屋漏偏逢连阴雨，不久，留在九江的杨载福水师又遭到风灾袭击，四十条船被完全毁掉，剩下七十多条也破烂不堪，不能使用。这样，湖北武穴以下江面再没有湘军船只，重新成为太平军水师的天下。
太平军取得湖口之战的胜利，打破了曾国藩夺取九江、“克服安庆、直捣金陵”的梦想，更让曾国藩陷入漫长的困境。
2．曾国藩与胡林翼
太平军在湖口袭击湘军水师成功之后，重新控制了长江航道，便分三路上行，发动战略性反攻。咸丰五年（1855）二月十七日太平军三克武昌，湖北的大片地区又一次落入太平天国手中。曾国藩一年多的战果得而复失。
这时，曾国藩更加确信上年八月攻占武汉后，不待后方巩固、经济恢复即迅速东下是错误的，并在奏折中旧话重提，对咸丰的决策提出婉转的批评。他说，细思臣等办理错误之处盖有两端：一是武汉克复当留重兵驻守，并留战船数千号以为后路声援，稳扎稳打；二是九江未破不应进攻湖口，以致兵力分散，两处受阻。
然而咸丰皇帝不同意这一看法，他认为湘军湖口之败仅仅是因为水师舢板冲入内湖所致，即曾国藩指挥上的疏忽与无能造成的。至于要在武汉留兵驻守，他说那本来没有必要。他说：“所称办理错误之处，如水师冲入内湖，以致声势隔绝，诚不免锐进贪功。至武汉收复未留后路声援一节，则其势本有不及，水陆两军全数追剿，犹恐兵力单弱，若彼时即分剿武汉，兵数愈少，刻下更不知如何棘手。曾国藩等既定直捣金陵之计，即着迅速设法攻克九江，合军东下，毋得再存顾虑。”仍命令曾国藩迅速攻克九江，然后合军东下，直捣金陵。这种瞎指挥无异梦呓。
湖口之败后，湘军元气大伤。曾国藩只好把希望全部寄托在陆师之上，指挥塔齐布、罗泽南两部继续围攻九江，希望能早日攻陷城池。但是九江防守没有丝毫破绽，“负固死守。其坚悍凶顽，实出意计之外”。湘军昼夜苦攻，士卒死伤惨重，而战事仍毫无进展。咸丰五年七月，曾国藩帐下得力大将塔齐布因为九江久攻不下，“日对坚城，徒增焦灼”，吐血而亡，年仅三十五岁。曾国藩顿失依恃，抚尸大哭。
被困在内湖的湘军水师为了冲回长江，也不断进攻湖口水卡。由于进攻过急，在塔齐布死后第三天，内湖水师统领萧捷三在湖口中炮阵亡。至此曾国藩手下能征之将，可用之兵，只剩下罗泽南一部。
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